1950년대 말과 1960년대 초에 인도-중국도 다시 한번 주요 분쟁 지역으로 불을 질렀다.
남 베트남에서는 미국의 지원을 받고 있는 응고딘 디엠이 공산 주의자 북 베트남의 강력한 지원으로 생존을 위협한 민족 해방 전선이 주도하는 광범위한 폭동과 싸우고 있었다.
1961-2년에, 케네디는 Diem에 대한 미국의 군사 원조를 대폭 늘려, 당시 남 베트남의 영토와 인구의 약 절반을 지배했던 소위'베트콩 게릴라'를 소탕하기 위한 노력으로 10,000명 이상의 미국 고문들을 파견했다. 한편, 북 베트남과 소련의 병참 학적 지원을 받고 있는, 공산주의가 주도하는 라오스의 파테 라오스는 비엔티안에서 그들의 권력을 향해 총을 쏘기 직전인 것처럼 보였다. 1960년 12월, 아이젠 하워는 백악관 대통령직 인수 위원회에서 대통령 당선자 케네디에게 라오스가 '동남 아시아 전체를 위한 현재의 열쇠'라고 지시했다. 그는 PathetLao의 승리를 막기 위해 가까운 미래에 미군 전투 부대가 필요할지도 모른다고 불길하게 경고했다.
그러나 현재 미국에게 가장 우려되는 부분은 플로리다 남쪽 끝에서 겨우 90마일 떨어진 곳에 위치한 쿠바의 섬임을 증명했다. 불 같고 카리스마 있는 자국 태생의 혁명가 피델 카스트로는 바위 투성이 시에라 마세스트라 산에 있는 게릴라 기지에서 아바나에 권력을 잡기 위해 투쟁했다. 1959년 1월 1일까지 인기 없는 독재자이자 미국의 오랜 동맹국인 풀헨시오 바티스타가 실각한 후 카스트로는 쿠바가 미국에 대한 역사적인 경제적, 정치적 의존에서 벗어나도록 하기 위해 야심 찬 혁명적인 프로그램을 즉시 시작했다. 처음부터 아이젠 하워 행정부는 턱수염이 있는 젊은 급진 주의자를 조심스럽게 바라보며 미국의 부동산 이익에 대한 쿠바 혁명의 공격에 강력하게 저항했다. 카스트로는 미국의 적대감에 대처하기 위해서도, 또 자신의 이념적 동질성 때문에도, 미국의 외교적, 경제적 지원을 환영하며 소련으로 눈을 돌렸다. Khrushchev는 자신의 주요 경쟁자에게 도전할 수 있는 뜻밖의 기회로 보이는 것에 뛰어들었다. 1960년 여름, 아바나와 모스크바 사이의 긴밀한 외교 및 무역 관계 수립에 뒤이어, 아이젠 하워 행정부는 쿠바에 무역 금지령을 내렸고, 쿠바 설탕이 미국 시장에 접근하는 것을 중지시켰으며, CIA를 통해 카스트로 암살 음모를 꾸몄다. 아이젠 하워는 또한 쿠바 망명자 집단이 미래의 침략 세력으로 사용할 수 있도록 무기를 소지하고 훈련하는 것을 승인했다.
1960년 대통령 선거 운동 동안, 케네디는 쿠바 문제를 끈질기게 계속해서 비판했다. 그는 카스트로를 '최대 위험의 근원'이라고 부르며 아이젠 하워와 리처드 M부통령을 맹렬히 비난했다. '공산주의 위성'을 허용한 닉슨은 '바로 우리의 문'에 등장했다. 11월 선거에서 케네디가 승리한 후, 아이젠 하워는 JFK가 망명 프로그램을 확대하도록 격려했다. 카스트로 정권의 미국 기업 국유화에 대한 보복으로, 레임 덕인 아이젠 하워 행정부는 1961년 1월 쿠바와의 외교 관계를 공식적으로 끊었다.
카스트로를 완전히 제거하기로 결심한 케네디는 비참한 돼지들의 침입이 된 4월을 허락했다. 이 작전은 카스트로가 국민들 사이에서 극히 적은 지지를 유지하고 1,400명의 미 연방 정보국 훈련 특공대가 상륙하면 쿠바 국민들이 봉기하여 공산 독재 국가를 전복시킬 것이라는 견해에 근거한 것이었다. 그것은 어리석은 계획임이 판명되었다;이틀 만에 카스트로의 군대는 케네디의 어린 시절 대통령직을 당혹스러운 정치적 퇴보로 몰고 가 버렸다. 그러나 민주당의 최고 지도자는 여전히 서반구에 소련의 교두보가 있는 것을 받아들일 수 없었다. 이후 그는 쿠바 정부를 파괴하고 파괴하기 위한 새로운 비밀 작전을 지시했으며, CIA는 백악관의 승인을 받아 쿠바의 '최대 지도자'암살을 위한 일련의 이상한 계획들을 착수했다. 만약 미국이 쿠바 혁명을 청산하는 데만 골몰하지 않았다면 10월 위기는 없었을 것이라는 카스트로의 회고적인 관찰에 반박하기는 어렵다.
1962년 10월, 쿠바 산 크리스토발에서 중거리 탄도 미사일 기지의 사진 증거.