그러나 위기는 거의 끝나지 않았다. 이 미사일 기지에 대한 건설 작업은 계속되었다;잠재적으로 140,000명의 병력이 남부 플로리다에 모였다;그리고 케네디는 미국의 전략적 핵무기 부대를 경계했다. 10월 26일 케네디에게 보낸 편지에서, Khrushchev는 화해의 어조를 띠었다. 비록 미국의 봉쇄를 해군의 해적 행위라고 비난하면서도 소련 지도자는 쿠바를 침략하지 않겠다는 미국의 약속에 대한 대가로 쿠바에서 미사일을 제거할 의지를 표명했다. 혼란스러운 상황 속에서, 그는 다음 날 또 다른 더 공격적인 편지를 JFK에게 공개했는데, 이 편지는 러시아 통치자가 갑작스럽게 합의금의 가격을 올려, 불가침 서약 뿐만 아니라 터키에서 미국의 목성 미사일을 제거할 것을 요구했다. 올해 초에 가동되기 시작한 이 미사일들은 비록 미국의 핵 전문가들이 미세한 전략적 가치를 지닌 것으로 간주하고 있음에도 불구하고, 소련의 핵 열등감에 대해 특히 매력적인 상징이 되었다.
상황이 통제 불능으로 치닫고 있는 10월 28일, 미국과 소련의 협상가들은 잠정적인 해결에 도달했다. 대통령의 동생 로버트 F법무 장관과 함께요 미국은 핵심적인 역할을 수행한 케네디 대통령은 러시아가 수용할 수 있는 Khrushchev의 첫 편지를 토대로 타협점을 제시했다. 따라서 소련은 쿠바에서 미사일을 제거하기로 합의했다. 미국은 쿠바를 침략하지 않기로 약속했다. 흐루시초프 대통령은 라디오 방송을 통해 합의 내용의 개요를 즉각 공개했다. 당시 공개되지 않았던 중요한 부록에서, Khrushchev는 로버트 케네디가 이전에 소련 대표에게 약속했던 대로, 터키에서 목성 미사일을 향후 제거하는 것 또한 이 계약의 기본 요소라는 것을 이해하고 케네디에게 개인적인 편지를 통해 알렸다. 그러나 미국의 주장에 따르면, 터키의 미사일은 기술적으로 나토의 통제 하에 있었고 미국의 통제 하에 있지 않았기 때문에 목성의 제거는 쿠바의 분규와 명백히 관련되지 않았다.
지난 40년 동안 학자들, 정책 분석가들, 그리고 이전의 정부 관료들은 거의 모든 측면에서 활발하게 토론해 왔고, 종종 그들의 해석적 판단에 있어서 크게 다르다. 어떤 이들은 케네디 대통령의 탁월한 위기 관리와 주목할 만한 위기 관리를 칭찬하는 반면, 다른 이들은 핵 전쟁을 다루려는 그의 의지와, 프레바를 근본적으로 변화시키지 않은 미사일의 발사로 인해 수천만의 미국인, 소련인, 쿠바인, 유럽인들이 사망한 것에 대해 비난했다. 핵 균형을 유지하고 있다. 엑스콤 회의에 참석했던 전 국무장관 딘 애치슨은 나중에 존 케네디의 쿠바 성공을 '단순한 행운'탓으로 돌렸다. 그것은 이 모든 사건에 가장 적합한 것일지도 모른다. 특히 1962년 10월에 세계가 핵 전쟁에 얼마나 근접했는지를 인식할 때 더욱 그렇다. 마찬가지로, 우리는 케네디의 본능적인 조심성과 신중함이, 그의 군사 보좌관들로부터 보다 적극적인 대응을 요구하는 강한 압력에 직면했을 때, 비교할 수 없는 위험을 내포한 사건을 평화롭게 제거하는 데 도움이 되었다는 것을 인정해야 한다.
쿠바 미사일 위기는 대만 해협과 베를린을 둘러싼 이전의 위기들이 그랬듯이 냉전의 현 단계에서 핵 불균형의 중심점이라는 것을 분명히 보여 준다. 미국의 의사 결정자들은 그들이 소련을 어떤 대립에서도 후퇴하도록 강요할 수 있다고 극도로 자신감을 느꼈습니다;그들의 국가의 압도적인 핵의 우월성은, 이런 의미에서, 궁극적인 비장의 카드로서, 원자력 시대의 사실은 워싱턴에서처럼 모스크바의 모든 것을 이해했습니다. 그러나 양측은 또한 산출 가능한 핵 탄두의 거대한 미국의 우위가 일시적 현상이라는 것을 깨달았다. 미국 전문가들은 소련이 가까운 미래에 상대적인 핵 평가를 달성할 것으로 예상했다;소련의 방어 계획자들은 가능한 한 신속하게 그 격차를 좁히기로 결정했다. 크렘린 엘리트들 사이에 만연해 있는 신랄함과 강경한 결의의 혼합을 반영하여, 바실리 쿠즈네초프 외무 차관은 미사일 위기 직후 미국 외교관에게 '당신들 미국인들은 다시는 이런 일을 할 수 없을 것이다.'라고 경고했다.
1960년 9월, Khrushchev와 카스트로는 유엔에서 포옹을 했다.
그 서약은 후속 소비에트 정책에 대한 예언적인 안내서임이 증명되었다. 러시아는 카리브 해에서 발생한 분쟁의 여파로 핵무기를 증강하고 폭격기의 함대를 증강하며 미사일 계획을 개선하기 위해 공동 노력에 착수했다. 몇년 안에 소련은 케네디가 흐루쇼프의 쿠바로부터의 성급한 철수를 강요했을 때 가지지 못 했던 것을 그들에게 주는 정교한 차세대 ICBM을 개발했다. 그것은 어떤 핵 거래에서도 미국 본토에 끔찍한 피해를 입힐 수 있는 가까운 능력이다. 1960년대 중반에 확인된 그러한 성취는 핵무기 방정식의 영구적인 변화를 예고했고 그에 따른 냉전의 성격의 변화를 예고했다. 한때 양측이 서로에게 용납할 수 없는 피해를 입히는 능력을 가졌거나, 핵 전략가들의 생각이 사라졌을 때, 어느 쪽도 핵 교환의 위험을 감수할 여유가 없었다. 머지 않아 상호 확증 파괴(MAD)라는 학설이 붙은 이 희망적인 논리에 따르면, 거대한 핵 비축량을 가진 각각의 초 강대국이 보유하고 있는 것은 실제로 핵 전쟁을 각각의 비이성적으로 자기 파괴적으로 만들어 세계 안보를 강화시켰다.
쿠바 미사일 위기는 다른 이유로도 냉전의 중요한 전환점 중 하나로 인정 받을 만하다. 미국과 소련의 지도자들은 핵의 심연으로 파고들어 가서, 미래의 쿠바 형태의 대립을 피할 필요성을 인식하고 그 방향으로 몇가지 중요한 조치를 취하기 시작했다. 1963년 6월, 크렘린과 백악관에 '핫 라인'이 설치되어 위기 상황에서 직접적인 의사 소통을 용이하게 했다. 1963년 8월, 미국과 소련은 지하 핵 실험을 제외한 모든 핵 실험을 제거하는 제한적인 실험 금지 조약을 체결했다. 두달 후, 그들은 또한 우주에서 핵무기를 금지하는 유엔 결의안을 승인했다. 양측의 미사 여구마저도 눈에 띄게 식어 갔고, Khrushchev는 1963년 6월 미국 대학에서 케네디가 회유적인 연설을 한 것에 박수를 보냈다. 그는 이 연설에서 더 많은 관심이 '우리의 공통된 이익과 다른 점을 해결할 수 있는 수단'에 집중되어야 한다고 말했다.